Ide pertama didirikannya STIT Darul Hijrah Martapura ini berasal dari bapak kyai haji Gazali Mukhtar, beliau adalah badan pendiri pondok pesantren Darul Hijrah Martapura. Beliau menginginkan di pondok pesantren Darul Hijrah Martapura ini juga ada perguruan tingginya sebagaimana pondok pesantren senior lainnya yaitu pondok pesantren Darussalam Martapura dan pondok pesantren Al-Falah Banjarbaru. Ide pendirian ini pun bukan tanpa alasan, yaitu karena dilatar belakangi oleh salah seorang
ustadz senior, yaitu Al-Ustadz. H. Gofran Haq yang meminta izin kepada Kyai supaya beliau dan para guru-guru lainnya di pondok pesantren untuk bisa kuliah di STAI AlFalah tetapi perkuliahannya tetap dilaksanakan di pondok pesantren Darul Hijrah Putra (kelas jauh masih dibolehkan pemerintah pada masa itu), tetapi permintaan tersebut ditolak oleh Kyai dengan alasan, “kenapa harus ikut kuliah ditempat orang lain, kenapa kita tidak mandiri?” Akhirnya beliau memerintahkan kemenakan beliau sendiri, yakni bapak Drs. KH. Syahrudi Ramli, M.Fil.I (pengurus yayasan saat itu dan dosen PNS di fakultas Syariah IAIN Antasari Banjarmasin) dengan nada agak keras, kata beliau: “Orang lain bisa, kok kenapa kamu tidak bisa? Dengan pertimbangan bahwa kemenakan beliau ini adalah seorang dosen di IAIN Antasari Banjarmasin, mempunyai banyak rekan sesama dosen dan mempunyai jaringan ke kopertais wilayah XI Kalimantan di bawah naungan Departemen Agama pada waktu itu.
Semula STIT Darul Hijrah Martapura diawal perjalanannya pada tahun 2003 telah membuka perkuliahan prodi Bhs. Inggris dan itu sudah berjalan selama 4 semester, tetapi terpaksa dihentikan karena tidak ada izin dari kopertais, dan pihak kopertais mengarahkan pengelola STIT Darul Hijrah Martapura supaya mengurus perizinannya ke kopertis saja karena prodi umum termasuk prodi pendidikan bahasa Inggris itu masuk wilayah kopertis pada waktu itu. Tetapi pihak pengelola STIT Darul Hijrah Martapura merasa keberatan dengan usul tersebut dengan alasan tidak ada jaringan dan link ke sana dan memutuskan untuk tetap berkiblat ke kopertais saja, maka pihak kopertais pun merespun permintaan tersebut dengan memberikan opsi dua prodi untuk dipilih, yakni S1 prodi pendidikan agama Islam dan S1 prodi pendidikan bahasa Arab. Kemudian setelah mendengar tawaran pihak kopertais ini, maka pihak pengelola STIT Darul Hijrah Martapura pun mengundang para dewan guru dalam sebuah rapat untuk menentukan pemilihan prodi yang ada di STIT. Akhirnya, setelah perdebatan yang cukup alot maka terpilihlah prodi pendidikan bahasa Arab oleh forum rapat dewan guru. Alasannya adalah karena di STAI Darussalam dan STAI Al-Falah sudah ada S1 prodi pendidikan agama Islam sedangkan prodi pendidikan bahasa Arab belum ada.
Akhirnya pada tahun 2005 terbitlah izin penyelenggaraan perkuliahan STIT Darul Hijrah Martapura dengan prodi bahasa Arab dengan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj. II / 34 / 05 tentang persetujuan pendirian sekolah tinggi ilmu tarbiyah Darul Hijrah Martapura Kalimantan Selatan dan izin penyelenggaraan program studi pendidikan bahasa Arab yang diselenggarakan oleh
yayasan pendidikan pondok Darul Hijrah Martapura Kalimantan Selatan. Kampus pertama STIT Darul Hijrah Martapura berada di ponpes Darul Hijrah Putra dan ketua pertama yang ditunjuk oleh yayasan adalah bapak Drs. H. Amin Djamaludin, MA, dengan alasan karena kemampuan bahasa Arab beliau cukup bagus dan merupakan master lulusan dari McGill University pada saat itu. Kemudian untuk studium general perdana, yayasan menunjuk bapak alm. Drs. H. As’ari, MA (mantan rektor IAIN Antasari Banjarmasin) sebagai pembicaranya, dan Alhamdulillah semuanya berjalan dengan sukses.
Seiring berjalannya waktu, karena jarak dan transfortasi ke ponpes Darul Hijrah Putra itu agak jauh maka ada usulan dari para dosen dan para mahasiswi yang berasal dari ponpes Darul Hijrah Puteri agar lokasi kampus STIT Darul Hijrah Martapura dipindahkan saja ke ponpes Darul Hijrah Puteri, selain itu ada laporan bahwa ada mahasiswi diantar jemput oleh mahasiswa, maka pihak pengelola pun merespun
dengan tanggap permasalahan ini. Oleh karena itu maka diputuskanlah untuk pindah lokasi ke kampus ponpes Darul Hijrah Puteri. Maka sejak saat itu resmilah letak kampus STIT Darul Hijrah Martapura di ponpes Darul Hijrah Puteri. Setelah berjalan beberapa tahun, yayasan kemudian menunjuk bapak Prof. Dr. H. A. Athaillah, M.Ag (mantan dekan fakultas Ushuluddin IAIN Antasari Banjarmasin) sebagai Ketua berikutnya menggantikan ketua sebelumnya.
Status lembaga STIT Darul Hijrah Martapura hingga saat ini dibawah naungan yayasan ponpes Darul Hijrah Putra tetapi untuk biaya operasional STIT Darul Hijrah Martapura tetap menjadi tanggungan bersama antara yayasan ponpes Darul Hijrah Putra dan yayasan ponpes Darul Hijrah Puteri. Kedepannya tidak menutup kemungkinan lokasi perkuliahan dilaksanakan di dua kampus yang berbeda, yaitukampus 1 terletak di ponpes Darul Hijrah Putra dan kampus 2 terletak di ponpes Darul Hijrah Puteri sebagaimana Universitas Darussalam Gontor.
